通过研究不同早期人群古DNA，了解早期人群的遗传特点与形成过程，明确古老类型或早期现代人之间的关系，解决旧石器人群类起源问题与演化的问题。研究不局限于中国早期现代人，将在更大的地史时间跨度内和更广的地域范围内开展工作，另外还将通过古老基因组分析研究增加对古老人类群体及当代现代人功能的认识。

通过分析相关遗址人群的线粒、Y染色体和核DNA，有望追踪新石器不同时间阶段的稻作农业和粟作农业对中国南北方人群形成的影响，对解决在时空大框架下中国南北方人群如何动态变化及人群如何迁徙扩散等问题有非常重要的意义。

通过古DNA研究了解生业方式与时空框架下青藏高原地区及新疆人群流动的特点，对现今当地生活人群的贡献和影响，探索东方农业对中亚的影响，为追溯藏缅群体的源流提供证据。