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《Nature》2014年度十大科学事件：
关于“古DNA解密现代人起源”的研究，因对现代人的起源问题有突破性发现与重要贡献，入选《自然》“2014年度十大科学事件”之一。 展开
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《Nature》中国十大科学之星：
课题组负责人付巧妹因“帮助重写了欧洲最早的现代人类的历史，并希望用古人类遗骸的DNA改写亚洲的史前史”，2016年被《Nature》评为“中国十大科学之星”。 展开
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中国科学院青年科学家奖：
课题组负责人付巧妹在2016年获得“中国科学院青年科学家奖”。 展开
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中国科学院青年科学家国际合作伙伴奖：
因被表彰对中德科技合作所做出的贡献，课题组负责人付巧妹在2017年获得“中国科学院青年科学家国际合作伙伴奖”。 展开
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2016年度中国古生物学十大进展：
关于“绘制冰河时期欧亚人群的遗传谱图”的研究，首次揭示了欧洲不同时期人群的动态遗传历史，入选“2016年度中国古生物学十大进展”。 展开
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ICG杰出女科学家奖：
课题组负责人付巧妹在2016年获得“ICG杰出女科学家奖”。 展开
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HHMI国际青年科学家奖：
因被视为具潜力成为古DNA领域科研领军人的科学家，课题组负责人付巧妹在2017年获得美国霍华德•休斯医学研究所（HHMI）“国际青年科学家奖”。 展开
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2017年度中国科技创新人物：
因致力于古DNA领域的学术研究、技术探索与突破性发现，课题组负责人付巧妹获得“CCTV2017年度中国科技创新人物”。 展开