消化法中常使用的酶有3种：胰蛋白酶、胶原酶以及透明质酸酶，透明质酸酶多数情况下与胰蛋白酶或胶原酶联合应用。胰蛋白酶作用较强，容易造成平滑肌细胞损坏，而胶原酶作用较缓和，能消化细胞间质中的胶原纤维以释放细胞，对细胞损伤小，是唯一一种可以降解具有三股超螺旋结构的天然胶原纤维的蛋白酶。 胶原酶(Collagenase)从溶组织梭菌（Clostridium histolyticum）提取的一种酶粗提物，也叫梭菌蛋白酶A（clostridiopeptidase A），不仅含有胶原酶，还含有其他的一些蛋白酶、多糖酶、脂酶等。这些成分分别能够有效水解结缔组织和上皮组织细胞外基质内的其他蛋白，多糖和脂质。该酶分离效果好，即使有钙、镁离子存在仍有活性，故可用PBS和含血清的培养液配制，既操作简便又可提高细胞成活率，最终浓度200u/mL，此酶消化作用缓和，无需机械振荡。 目前商业化提供的细菌胶原酶主要根据胶原酶活性的差异，分为四种类型：胶原酶I型，II型，III型和IV型，在应用上有所偏向：(1)胶原酶I（Type I Collagenase）：含有比较均匀的各种酶活力（包括胶原酶、酪蛋白酶、梭菌蛋白酶、胰蛋白酶活性）。通常用作上皮细胞、肝、肺、脂肪和肾上腺组织细胞的制备。(2)胶原酶II（Type II Collagenase）：含有更高的梭菌蛋白酶活性，通常用于心脏、骨、肌肉、胸腺和软骨等组织来源细胞的制备。(3)胶原酶III（Type III Collagenase）：含有较低的蛋白酶活性，常用于乳腺细胞的制备。(4)胶原酶IV（Type IV Collagenase）：含有低胰酶活性，通常用于胰岛细胞的制备，或者需要维持受体完整性的细胞制备实验。